W czasie rejsu nie odnotowano ofiar wśród jeńców.
11 października 1942 roku w porcie Tanjung Priok w Batawii na „Dainichi Maru” zaokrętowano ponad tysiąc jeńców, w tym 450 Amerykanów, 385 Australijczyków i około 200 Holendrów. Jeszcze tego samego dnia statek wypłynął z portu. Warunki, w których transportowano jeńców, były bardzo ciężkie. Ulokowano ich w dwóch ładowniach, w których panował tak wielki ścisk, że z trudem znajdowali miejsce by usiąść. Dodatkowych cierpień przysparzał zaduch oraz wysokie temperatury, dochodzące prawdopodobnie do 48,8 °C. Sytuację sanitarną pogarszał fakt, że w górnych ładowniach przewożono konie, których odchody spadały na jeńców poprzez szpary we włazach. Wyjście pokład było dozwolone tylko dwa razy dziennie, przy okazji wydawania posiłków. Po trzech dniach statek dopłynął do Singapuru, gdzie jeńcy spędzili jeszcze dwie doby w ładowniach, zanim ostatecznie pozwolono im zejść na ląd. Ofiar śmiertelnych udało się uniknąć prawdopodobnie wyłącznie dlatego, że w tym okresie większość jeńców nadal znajdowała się w dobrym stanie fizycznym.