Niektórzy autorzy podają, że tak długi postój był spowodowany przede wszystkim koniecznością naprawy maszyn i oczekiwaniem na sformowanie nowego konwoju. Inni sugerują, że Japończycy obawiali się, że jeńcy mogą przenieść choroby zakaźne na Wyspy Japońskie. W szczególności mieli podejrzewać, że w ładowniach wybuchła epidemia cholery.

W czasie rejsu i postoju w Manili jeńcy licznie umierali na skutek odwodnienia, niedożywienia i chorób. Wiele ofiar pochłonęła w szczególności dyzenteria. Japończycy nie zapewnili jeńcom opieki medycznej ani lekarstw. Jeńcy-lekarze byli zmuszeni improwizować, aplikując pacjentom pirogeny przy użyciu prymitywnych igieł, które wykonano ze znalezionych w ładowniach szprych. Liczba jeńców, którzy zmarli w czasie rejsu i postoju w Manili, bywa szacowana na 98 osób, a według innych źródeł wyniosła od 94 do 184 osób.

Dopiero 24 sierpnia Japończycy zgodzili się przenieść 66 Brytyjczyków i pięciu Holendrów do więzienia Bilibid. Owi jeńcy znajdowali się w fatalnym stanie fizycznym. Mimo wysiłków podjętych przez jeńców-lekarzy, w więziennym szpitalu zmarło dziewięciu Brytyjczyków.