Kompleks ten pokonuje barierę energetyczną i zbliża do siebie dwie błony na tyle blisko, że powoduje wystarczające odkształcenia i naprężenia, by doprowadzić do połączenia dwuwarstw.
U wirusów, w przeciwieństwie do eukariontów, w fuzji pośredniczy jedno lub więcej białek powierzchniowych. W przypadku wirusa grypy takim białkiem jest hemaglutynina. Zarówno hemaglutynina, jak i białka SNARE wykazują znaczne podobieństwo strukturalne. Różnica między dwoma procesami fuzji, w których pośredniczą, polega na tym, że heterodimeryzacja białek SNARE jest warunkiem koniecznym do wystąpienia fuzji, podczas gdy hemaglutynina, i ogólnie wirusowe białka fuzyjne, wstawiają swoje domeny fuzyjne i destabilizują dwuwarstwę lipidową w celu wywołania fuzji. Istnieją cztery klasy białek fuzyjnych, podzielone ze względu na ich strukturę i mechanizm fuzji.