Klasa I Białka fuzyjne klasy I występują u ortomyksowirusów, filowirusów, paramyksowirusów, retrowirusów i koronawirusów. W tej podklasie wirusy grypy i ludzki wirus niedoboru odporności (HIV-1) są dobrze zbadane i obecnie powszechnie stosowane jako modelowe wirusy posiadające powierzchniowe białka fuzyjne. Domena fuzyjna należąca do białka tej klasy, która jest uwalniana proteolitycznie przez zmianę pH środowiska, znajduje się na postproteolitycznym N-końcu glikoproteiny. Ze względu na amfipatyczny charakter domen fuzyjnych mają one tendencję do agregacji przed fuzją.
Klasa II Białka fuzyjne klasy II, występujące w rodzinach flawiwirusów i togawirusów, mają strukturę trójwymiarową znacznie różniącą się od struktury hemaglutyniny wirusa grypy, co doprowadziło do uznania ich za oddzielną klasę wirusowych białek fuzyjnych. Białka fuzyjne klasy II mają architekturę trójdomenową. W przeciwieństwie do białek fuzyjnych klasy I nie są one zorientowane prostopadle do błony wirusowej, lecz równolegle lub prawie równolegle. Ponadto nie ulegają one proteolitycznemu rozszczepieniu. Białka klasy II zbudowane są jako homo- lub heterodimery z inną wirusową glikoproteiną, tak jak w przypadku białek E1 togawirusów. Wspólną cechą białek fuzyjnych flawiwirusów jest to, że występują one na powierzchni wirusa w postaci dimerów.