Inną ważną różnicą między białkami fuzyjnymi klasy I i klasy II jest to, że domeny fuzyjne klasy II, w przeciwieństwie do klasy I, nie są zlokalizowane na N-końcu.
Klasa III Białka fuzyjne klasy III są wykorzystywane przez herpeswirusy, rabdowirusy i bakulowirusy. Białka tej klasy posiadają cechy charakterystyczne zarówno dla białek fuzyjnych klasy I, jak i klasy II. Na przykład posiadają one helikalną i centralną domenę β-kartki, w której znajduje się jedna lub więcej pętli fuzyjnych. Tak jest w przypadku rabdowirusowych białek G, które odróżniają się od białek fuzyjnych klasy I tym, że nie tworzą kompleksów z innymi białkami na powierzchni wirionu. Podobnie jak białka fuzyjne klasy II nie ulegają one proteolitycznemu rozszczepieniu. W swojej natywnej postaci rabdowirusowe białko G występuje jako homotrimer w błonie wirusowej. Pod wpływem czynników środowiskowych, takich jak kwaśne pH, trimer ulega znacznemu przeformowaniu, orientując się w kierunku błony komórkowej i wprowadzając swoje domeny fuzyjne do błony komórkowej gospodarza.