Według chorwackiego historyka Tihomira Rajčicia utworzenie prawosławnego monasteru Krka mogło nastąpić około 1577 r. w związku z restytucją Patriarchatu Serbskiego w Peciu. Mimo tych ustaleń historyków Serbski Kościół Prawosławny w dalszym ciągu przedstawia monaster jako istniejący od XIV w.; w takim tonie wypowiadał się również patriarcha serbski Ireneusz podczas swojej wizyty w klasztorze w 2015 r.
Według źródeł prawosławnych, w latach 1615–1647 działało przy nim seminarium duchowne, pierwsza tego typu szkoła w historii Serbskiej Cerkwi Prawosławnej. W wymienionym roku mnisi uciekli z klasztoru przed najazdem tureckim, chroniąc się w Zadarze i w Sremskich Karlovcach. Z pewnością byli to już mnisi prawosławni; tak stwierdzono w dokumencie z 25 sierpnia 1648 r. potwierdzającym czasowe przyznanie im prawa do korzystania z jednego z kościołów pod Zadarem. Jest to najstarszy dokument, który w sposób niepozostawiający wątpliwości wskazuje, że monasteru Krka należał do Serbskiego Kościoła Prawosławnego. Monaster został spalony;