Z Yverdon barki płynęły w większości dalej, przez jezioro Neuchâtel, rzekę Thielle na jezioro Bienne, a z niego rzeką Aare do Solury.
Rozmaite problemy techniczne, głównie osuwiska stoków w rejonie kanału, zrujnowały jednak akcjonariuszy. Założony zysk w wysokości 7% nigdy nie został osiągnięty. Nigdy nie wykonano odcinka między Cossonay a Morges nad Jeziorem Genewskim, na którym różnica poziomów wynosiła blisko 50 m, a wbrew oczekiwaniom nie było możliwości wykorzystania zbyt wąskiego i krętego koryta Venoge.
Około 1760 r. zakończono eksploatację odcinka między Entreroches a Cossonay ze względu na długi czas śluzowania i związane z tym koszty. W następnych latach Kanał Entreroches działał już tylko na równinie Orbe, na odcinku zaledwie 16 km. Dzięki rozbudowie sieci dróg transport kołowy stawał się coraz bardziej konkurencyjny. Pod koniec Ancien régime'u Berno odmówiło kupna firmy, podobnie jak młody kanton Vaud na początku XIX wieku. Do 1829 roku kanał funkcjonował pod zarządem rodziny Plessis-Gouret. Jej barki przewoziły głównie wina z regionu Vaud (85% przewozów) i sól z salin w Bex.