W latach 1918–1941 pływał pod flagą linii żeglugowych Nippon Yūsen Kaisha. Obsługiwał m.in. trasę z Singapuru przez Kolombo, Port Said, Londyn i Antwerpię do Rotterdamu i Hamburga.
W październiku 1941 roku, na krótko przed wybuchem wojny na Pacyfiku, został zarekwirowany przez Cesarską Armię Japońską. W grudniu tegoż roku, podczas kampanii filipińskiej, uczestniczył w operacji desantowej w Zatoce Lamon.
„Piekielny statek” 7 listopada 1942 roku przy nadbrzeżu nr 7 w porcie w Manili na „Nagato Maru” zaokrętowano około 1,6 tys. amerykańskich jeńców wojennych, którzy zostali sprowadzeni z obozu jenieckiego w Cabanatuan. Na statku znalazło się także około 1,5 tys. japońskich żołnierzy. Amerykanów rozmieszczono w trzech ładowniach, podczas gdy japońskich żołnierzy ulokowano na górnych pokładach.
Na skutek tłoku i tropikalnego upału w ładowniach z trudem można było oddychać. Bardzo szybko jeńcy zaczęli rozpaczliwie krzyczeć, domagając się wody i powietrza. Strażnicy zagrozili, że jeśli natychmiast nie zapanuje spokój, to otworzą ogień w głąb ładowni. Spowodowało to jednak wyłącznie zwiększenie paniki. Ostatecznie w obawie przed buntem do ładowni spuszczono wiadra z wodą.