Początkowo uczelnia znajdowała się w Chylicach koło Warszawy (obecny Ewangelicki Ośrodek Diakonii „Tabita”), część zajęć odbywała się w siedzibie Prawosławnego Seminarium Duchownego przy ul. Paryskiej w Warszawie. Od roku akademickiego 1968/1969 siedziba główna uczelni znajdowała się w budynku Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego przy ulicy Miodowej.
W III Rzeczypospolitej mały|Dawna siedziba ChAT przy ul. Miodowej 21 w Warszawie Przemiany ustrojowe po roku 1989 pozwoliły rozszerzyć uczelniom, także uczelniom teologicznym, ich zakres autonomii i samodzielności. ChAT wykorzystała tę możliwość, opracowując w 1991 nowy statut uczelni, a także regulaminy studiów, organizacyjny oraz samorządu studenckiego. Przepisy te konkretyzują zakres kompetencji i odpowiedzialności poszczególnych członków kierownictwa ChAT oraz zapewniają współudział pracowników i studentów w podejmowaniu najważniejszych decyzji dotyczących uczelni. W roku akademickim 1991/1992 rozpoczął działalność Ekumeniczny Instytut Pedagogiczno-Katechetyczny. Był on praktyczną formą odpowiedzi na wyzwanie postawione przed Kościołami przez wprowadzenie nauki religii do szkół publicznych. W 1996 wyłoniła się konieczność restrukturyzacji Instytutu poprzez przekształcenie go w Ekumeniczny Instytut Pedagogiczny.