Pozyskanie przez Uczelnię profesorów o znacznym dorobku naukowym umożliwiło podjęcie decyzji o utworzeniu z dniem 1 marca 1994 Studium Doktoranckiego w zakresie nauk teologicznych. W 2010 zawarto porozumienie pomiędzy Wyższą Szkołą Teologiczno-Społeczną w Warszawie a Chrześcijańską Akademią Teologiczną, w wyniku którego studenci równolegle studiują na dwóch uczelniach. Rozwiązanie to nawiązywało do wcześniejszego porozumienia między ChAT a Prawosławnym Seminarium Duchownym w Warszawie. Kolejne porozumienie zawarto w 2026 z Wyższym Baptystycznym Seminarium Teologicznym w Warszawie.
Wraz z początkiem roku akademickiego 2012/2013 Wydział Teologiczny został podzielony na dwa wydziały: Wydział Teologiczny, w którym odbywają się studia trzech stopni na kierunku teologia oraz Wydział Pedagogiczny (obecna nazwa: Wydział Nauk Społecznych), w którym realizowane są studia I i II stopnia na kierunku pedagogika oraz studia I stopnia na kierunku praca socjalna. W Wydziale Nauk Społecznych nie stosuje się kryterium wyznaniowego.
Od roku akademickiego 2018/2019 zajęcia w obu wydziałach Akademii prowadzone są w jej nowej siedzibie przy ul. Broniewskiego 48 w Warszawie.