W latach 1788–1795 napisał ponad trzydzieści mszy. Najbardziej znaną z nich była skomponowana w 1796 Czeska Msza Bożonarodzeniowa Hej, mistře, vstaň bystře (Hej, mistrzu, wstań żwawo), prawdopodobnie po raz pierwszy wykonana w Rožmitálu. Kompozycja, zachowując formę mszy, ma charakter czeskiego ludowego dramatu, opisującego narodziny Jezusa i jego dar dla zwykłych ludzi.
Pod koniec życia Jakub chorował, coraz częściej unikał ludzi, chodził na spacery po okolicznych łąkach i lasach, najczęściej samotnie. Nic jednak nie wskazywało na to, że chce zakończyć swoje życie. W sobotę 8 kwietnia 1815 wstał wcześnie rano, jak zwykle ucałował żonę, wziął ze sobą książkę i wyszedł, by uczestniczyć w porannej mszy świętej w kościele Podwyższenia Krzyża Świętego. Nie wrócił jednak do domu. 10 kwietnia znaleziono go w lesie nad Wołtuszem, gdzie popełnił samobójstwo, przecinając brzytwą tętnice na szyi i obu nadgarstkach. Został pochowany na dawnym cmentarzu morowym, na północny zachód od Starego Rožmitála. W 1855, z inicjatywy syna Josefa Arnošta Ryby, profesora uniwersytetu i okulisty, proboszcz Jan Fähnrich załatwił przeniesienie szczątków na nowy cmentarz w Starym Rožmitálu.