Współcześni historycy odrzucają oskarżenia abp Lissóna o malwersacje i poglądy niezgodne z doktryną, potwierdzając złe zarządzanie finansami i wspieranie Leguíi.
Kompromitacja projektu gospodarczego, szkody wizerunkowe wynikające z publicznych ataków oraz zastrzeżenia doktrynalne spowodowały, że Watykan nakazał mu złożenie rezygnacji i udanie się do Rzymu. W liście do nuncjusza apostolskiego w Peru Gaetano Cicognaniego, Lissón potwierdził swoje oddanie papieżowi, jednak stwierdził, że w obecnej sytuacji nie stać go na podróż do Europy. Chciał również, aby jego rezygnacja (i w konsekwencji mianowanie jego następcy) stała się skuteczna dopiero po przyjeździe do Rzymu, mając nadzieje na przeciągnięcie sprawy i poparcie papieża, po osobistej rozmowie z nim. Ostatecznie abp Lissón wyjechał do Rzymu 22 stycznia 1931, oficjalnie udając się z wizytą ad limina, spodziewając się jednak, że wyjeżdża na wygnanie. O tym, że sprawa jego odwołania była już wówczas przesądzona, świadczy mianowanie administratora archidiecezji limskiej zaledwie 8 dni po wyjeździe abp Lissóna. Oficjalnie papież przyjął rezygnację 3 marca 1931, nadając mu arcybiskupstwo tytularne Methymna.