Abp Lissón otwarcie wspierał prezydenta Augusto B. Leguía, co po jego obaleniu 24 sierpnia 1930, sprowadziło na Lissóna dalsze problemy. Nowy rząd prezydenta Luisa Miguela Sáncheza Cerro naciskał Stolicę Apostolską w sprawie odwołania arcybiskupa. Rozpoczął również kampanię przeciwko niemu, wykorzystując jego wcześniejsze zaangażowanie polityczne, projekt gospodarczy zakończony katastrofą finansów archidiecezji oraz wątki teologiczne. Ważną osią oskarżeń prasowych były malwersacje finansowe. Oskarżono go również o poważne błędy teologiczne i duszpasterskie w opublikowanym przez niego katechizmie, przez część osób uważanych za heretyckie czy doprowadzenie do nadania byłemu prezydentowi Leguíi papieskiego Orderu Najwyższego Chrystusa pomimo jego rozwiązłego trybu życia i związków z potępioną przez Kościół masonerią. Przeciwko arcybiskupowi odbywały się demonstrację. Abp Lissón nie miał również poparcia w peruwiańskim episkopacie, z większością biskupów różniąc się w sferze teologiczno-doktrynalnej.