W Kanadzie był 10. Domowy wyścig Speeda nie był udany. W drugim zakręcie doszło do karambolu. Kimi Räikkönen przyhamował, by nie uderzyć Villeneuva. W tył bolidu Fina wjechał Juan Pablo Montoya. Bolidy wpadły na Jensona Buttona, który potrącił Nicka Heidfelda. Bolid Niemca został podbity i przekoziołkował kilka razy. Speed nie był w stanie wyminąć rozbitych bolidów i zakończył swój udział w wyścigu. Grand Prix Francji ukończył na 10 miejscu. W Niemczech był 12, a deszczowy wyścig o Grand Prix Węgier ukończył na 11 pozycji. W Turcji oraz Włoszech dojechał na 13 pozycji.
Deszczowe zawody w Chinach zakończył na 14 miejscu. W Japonii musiał się wycofać na 5 okrążeń przed metą z powodu awarii wspomagania kierownicy i został sklasyfikowany na 18 pozycji. Kończący sezon wyścig o Grand Prix Brazylii przyniósł Amerykaninowi 11 miejsce. W ciągu sezonu nie zdobył ani jednego punktu i został sklasyfikowany na 20 miejscu.
2007 24 lutego zespół Toro Rosso potwierdził, że Scott Speed pozostanie w zespole na sezon 2007.