Po tym okresie pracował dorywczo i tymczasowo, nie był w stanie znaleźć stałej pracy oraz regularnie był kontrolowany i przesłuchiwany przez Urząd Bezpieczeństwa. Trudności z podjęciem pracy oraz regularne kontrole miały charakter polityczny, co przedstawiono Wendorffowi w piśmie od Departamentu Kadr Ministerstwa Handlu Zagranicznego Komisji Rehabilitacyjnej P.P. „Polcargo” w 1957. W 1956 podjął pracę w Rzemieślniczej Spółdzielni Fryzjerów w Gdańsku.

31 lipca 1969 uległ wypadkowi podczas wysiadania z pociągu. Zmarł 1 sierpnia 1969 w szpitalu Miejskim w Gdańsku.

Został pochowany na cmentarzu Witomińskim w Gdyni.

Stefan Wendorff był żonaty z Heleną z Maluszyckich (1900-1969), z którą miał córkę Annę Wendorff-Wicherską (1925-2010), wiceprezydent Sopotu. Para wzięła ślub w 1919 w Borystenowie.