Ksiądz Schambogen przybył do Elbląga 15 maja 1618 roku i złożył wobec rady i drugiego ordynku pisemne zobowiązanie (reversalia), iż będzie przestrzegał wszystkich ustaleń ugody w sprawie wolności religijnej i praw ludności protestanckiej, zawartej w 1616 roku (katolicy odzyskali Kościół św. Mikołaja 30 grudnia 1616, po ogłoszeniu przez króla uniwersału o poszanowaniu wolności religijnej w mieście). Po akceptacji przez radę miasta ks. Schambogen został 22 czerwca 1618 uroczyście wprowadzony na urząd proboszcza elbląskiego.
Po rozpoczęciu w 1626 przez króla szwedzkiego Gustawa II Adolfa kolejnej wojny Elbląg wpadł w ręce protestantów 13 lipca tegoż roku. Szwedzi zmusili ks. Schambogena do opuszczenia miasta już 24 lipca. Król Gustaw odebrał Kościół św. Mikołaja katolikom, ustanawiając go kościołem garnizonowym wojska szwedzkiego.
Ksiądz Schambogen udał się do niezajętego jeszcze przez Szwedów Lidzbarka Warmińskiego, gdyż już rok wcześniej (1625) uzyskał również godność archiprezbitera lidzbarskiego, a wkrótce, w 1627, otrzymał też tytuł kanonika w Dobrym Mieście. W 1628 król przedstawił go do objęcia, zwolnionej po śmierci kanonika Hindinberga, kanonii warmińskiej (faktycznie objął ją dopiero w 1634).