Zgodnie z wcześniejszymi ustaleniami tymczasowym prezesem Zarządu mianowano Michała Tomczaka, zaś w skład siedmioosobowej Rady Nadzorczej weszli przedstawiciele czterech czołowych klubów I ligi sezonu 2004/2005 – Hubert Praski (Wisła Kraków), Jerzy Kopa (Dyskobolia Grodzisk Wlkp.), Piotr Zygo (Legia Warszawa) i Krzysztof Dmoszyński (Wisła Płock), dwóch reprezentantów pozostałych pierwszoligowców nowego sezonu – Jacek Milewski (Arka Gdynia) i Zbigniew Krasowski (Górnik Łęczna) oraz Zbigniew Koźmiński, jako przedstawiciel Polskiego Związku Piłki Nożnej (i prezes PLP). 12 sierpnia 2005 Ekstraklasa SA podpisała z PZPN umowę o zarządzaniu rozgrywkami I ligi (dzień formalnego przejęcia piłkarskiej ligi zawodowej), zaś na jej mocy od 18 listopada 2005 (14 kolejki sezonu 2005/2006) faktycznie wykonuje te obowiązki (pierwszym spotkaniem był mecz Legia Warszawa – Górnik Zabrze 3:2).