29 listopada 2005 przeprowadzono wybory do pierwszych władz spółki, w których wzięło udział 17 delegatów Walnego Zgromadzenia (po 1 przedstawicielu każdego z 16 klubów I ligi sezonu 2005/2006 oraz 1 działacza PZPN). Bezapelacyjnie zwyciężył w nich Andrzej Rusko, otrzymując komplet głosów i zostając pierwszym w historii prezesem Zarządu Ekstraklasy SA (jego poprzednik Michał Tomczak pełnił te obowiązki jedynie czasowo). Tego samego dnia powołano pozostałych członków władz spółki oraz jej poszczególnych organów (Zarządu, Rady Nadzorczej, Walnego zgromadzenia).

13 lipca 2006 – na wniosek prezesa Zarządu Ekstraklasy SA – Prezydium Zarządu PZPN zatwierdziło nowy regulamin rozgrywek I ligi sezonu 2006/2007, obejmujący swym zakresem jedynie rozgrywki Orange Ekstraklasy (poprzednie przepisy dotyczyły zarówno I, jak i II ligi). Nowelizacja ta miała na celu uzyskanie większej niezależności zawodowej ligi od PZPN. Według nowych przepisów całością spraw związanych z rozgrywkami Orange Ekstraklasy zajmować się będą jedynie wydzielone organy Ekstraklasy SA, tj.: Departament Logistyki Rozgrywek i Komisja Ligi.