22 lipca 2006, dzięki staraniom Ekstraklasy SA, rozegrano – po 5-letniej przerwie – mecz o Superpuchar Polski (zwanym od tej edycji oficjalnie Superpucharem Ekstraklasy SA), w którym Wisła Płock pokonała na Stadionie Wojska Polskiego Legię Warszawa 2:1. W dniach od 28 lipca 2006 do 30 lipca 2006 przeprowadzono 8 meczów inauguracyjnej kolejki sezonu 2006/2007 – pierwszego w historii polskiej piłki nożnej, w którym rozgrywki – od początku do końca – prowadzić będzie inny podmiot niż PZPN. Mimo tego część zadań nadal pozostawała w gestii dawnego zarządcy ligi (PZPN). Należały do nich: proces licencyjny, sprawy sędziowskie (sędziowie, obserwatorzy), sprawy międzynarodowe (m.in. zgłaszanie klubów do europejskich pucharów), kwestie bezpieczeństwa na stadionach (delegaci ds. bezpieczeństwa), sprawy dyscyplinarne w instancji odwoławczej oraz kwestie rozwiązywania kontraktów pomiędzy klubami a zawodnikiem lub trenerem. Dodatkowo – w zamian za przekazanie rozgrywek Ekstraklasy – przez 3 lata (od sezonu 2006/2007 do sezonu 2008/2009) PZPN otrzymał od Ekstraklasy SA 7,2% udziałów w zyskach oraz corocznie 1 mln złotych (m.in.