Wierzył, że pod rządami komunistów nie będzie prześladowań ze względu na pochodzenie czy rasę.
Od 1945 do 1949 pracował w Centralnym Związku Przemysłu Czechosłowackiego w Pradze. Następnie był kierownikiem gabinetu ministra handlu zagranicznego (1948–1949). W latach 1949–1952 był wiceministrem handlu zagranicznego (ministrem w tym czasie był ) i zarządzał sektorem handlu z państwami kapitalistycznymi. Osobiście w imieniu Czechosłowacji w 1949 w Londynie wynegocjował i podpisał istotne i korzystne dla Czechosłowacji umowy gospodarcze z Ernestem Bevinem i reprezentującymi brytyjski rząd. Władze czechosłowackie były zadowolone z przebiegu negocjacji nakazując uhonorowanie ich uczestników.
Margolius został aresztowany 10 stycznia 1952 i oskarżony o zdradę stanu, szpiegostwo, sabotaż i organizację żydowskiego spisku mającego na celu obalenie rządu. Po miesiącach aresztu oraz fizycznych i psychologicznych nacisków Służby Bezpieczeństwa oraz służb radzieckich został zmuszony do podpisania oświadczenia, że uczestniczył w domniemanym spisku przeprowadzonym przez Rudolfa Slánskiego. Został zmuszony do tego, ponieważ pomimo nacisków ZSRR by koncentrować gospodarkę na krajach komunistycznych, był zaangażowany w pertraktacje z krajami kapitalistycznymi. Był jedną z 11 osób skazanych na karę śmierci, spośród 14 oskarżonych w .