Wyroki śmierci dla jedenastu z czternastu oskarżonych zapadły w Moskwie i Komitecie Centralnym Komunistycznej Partii Czechosłowacji. Egzekucję wykonano 3 grudnia 1952. Przed wykonaniem wyroku Margolius nie odezwał się ani słowem.
Życie prywatne Żoną Margoliusa była pisarka i tłumaczka (dawn. Heda Bloch). Ich synem jest – czeski architekt.
Rehabilitacja thumb|Zapis inwigilacji mieszkania Margoliusa w 1951 roku. Agenci StB wykorzystali przebrania Mikołaja, Czerta i Anioła do „infiltracji” mieszkania W 1963 Sąd Najwyższy zrehabilitował skazanych w procesie Slánskiego. W 1968 prezydent Czechosłowacji Ludvík Svoboda nadał Margoliusowi pośmiertnie Order Republiki.
Margolius był prawnikiem i ekonomistą – nie jest postrzegany jako bezpośredni uczestnik polityki komunistycznej i wprowadzania stalinizmu w Czechosłowacji, w przeciwieństwie do innych skazanych w procesie, takich jak Slansky czy Vladimír Clementis nie był bezpośrednio zaangażowany w polityczne machinacje czy opresyjną politykę partii komunistycznej.