Nauka W 1871 rozpoczął studia na Wydziale Filozoficznym Uniwersytetu Jagiellońskiego. Tydzień po jego wyjeździe na studia zmarła nagle jego matka, a dwa miesiące po niej ojciec. Z powodu braku funduszy na podróż, Nałkowski nie był obecny na pogrzebach rodziców. Pogrążony w rozpaczy ratował się, rzucając się w wir pracy, jednak warunki, w jakich egzystował, graniczyły z nędzą (często głodował i marzł w nieogrzewanym pokoju), co ponownie przyczyniło się do osłabienia jego zdrowia. Przerwał studia w Krakowie i po rocznym studiowaniu w Instytucie Inżynierii Komunikacji w Petersburgu wrócił by podjąć je na nowo.
W 1875 roku opracował podręcznik geografii fizycznej, który jednak nie został wydany z powodu bankructwa wydawnictwa.
W 1880 przeniósł się do Warszawy, a w 1882 otrzymał dokumenty uprawniające go do prywatnego nauczania geografii w zaborze rosyjskim. Od tego czasu aż do śmierci zarabiał jako nauczyciel geografii.
W 1885 uzyskał roczne stypendium Kasy im. Mianowskiego, co pozwoliło mu rozpocząć pisanie pracy doktorskiej na Uniwersytecie w Lipsku. Z powodu kłopotów finansowych Nałkowski nie ukończył tych studiów.