Po powrocie do Warszawy kontynuował nauczanie geografii na pensjach żeńskich, na kursach i kompletach, a także na tajnym Uniwersytecie Latającym a od 1905 w Towarzystwie Kursów Naukowych.
W 1903 roku Nałkowski odbył swą jedyną zagraniczną podróż naukową do Austrii, Szwajcarii, Francji i Włoch w celu zaznajomienia się z lodowcami, wulkanami i zjawiskami krasowymi. Z powodu trudnej sytuacji finansowej nie mógł pozwolić sobie na dalsze podróżowanie.
Jako entuzjasta geografii, Nałkowski podkreślał konieczność powstania Polskiego Towarzystwa Geograficznego.
Pisarz, publicysta Lata 80. XIX wieku to dla Nałkowskiego również czas pisania wielu prac z zakresu geografii. Szereg pozycji napisanych przez niego było rzetelnym wkładem do literatury tematu i często przez dziesięciolecia służyły one jako podręczniki (np. Gieografja Fizyczna). Z kolei w latach 90. XIX wieku pod wspólną redakcją Wacława Nałkowskiego i Andrzeja Świętochowskiego powstał największy do dziś polski atlas (Wielki atlas geograficzny).
Wacław Nałkowski pisał także artykuły, recenzje i polemiki drukowane między innymi w „Głosie”, „Ateneum”, „Przeglądzie Pedagogicznym”, „Prawdzie”, „Niwie”.