Podejmował tematykę współczesnych sporów ideologicznych takich jak prawa kobiet, darwinizm, klerykalizm, postęp-wstecznictwo, proletariat i reakcja społeczna.
Na łamach „Kurjera Warszawskiego” i „Głosu” odbywała się jego polemika z Sienkiewiczem, bowiem Nałkowski odnosił się krytycznie do ideologii przedstawionej w Rodzinie Połanieckich.
Nałkowski opracował łącznie ponad 450 pozycji naukowych i publicystycznych.
Był członkiem Zarządu utworzonego w 1906 roku w Królestwie Kongresowym Towarzystwa Kultury PolskiejJanina Bemówna, Towarzystwo Kultury Polskiej, w: Nasza walka o szkołę polską 1901-1917 : opracowania, wspomnienia, dokumenty, t. II, warszawa 1934, s. 187-188..
Życie prywatne i śmierć W 1881 roku poślubił Annę Šafránek, z którą miał trzy córki: Celinę (zmarła w niemowlęctwie), Zofię i Hannę. Nałkowscy mieszkali w Warszawie, natomiast w 1895 roku kupili na raty kawałek nieurodzajnej ziemi w Wołominie, na której postawili drewniany dom. Służył on jako ich letnia siedziba. Obecnie znajduje się tam muzeum poświęcone Wacławowi i Zofii Nałkowskim. mały|Dom nad Łąkami w Wołominie Wacław Nałkowski zmarł nagle na udar mózgu w 1911 roku. Jego pogrzeb stał się manifestacją całej postępowej Warszawy.