Pierwszy pożar i odbudowa Do 1553 wszystkie obiekty klasztorne zostały wykończone, lecz w tym samym roku wybuchł pożar, który strawił je doszczętnie. Prowincjał franciszkanów w liście wysłanym do Ignacego Loyoli pisał, że z pożaru cudownie ocalał jedynie kościół. Przepadły jednak archiwa i wota wdzięczności pielgrzymów, oba przechowywane w krużgankach klasztornych. Dzięki hojnym datkom okolicznych mieszkańców, w tym szlachty, nowy klasztor, jeszcze większy od poprzedniego, zbudowano w imponująco krótkim czasie – tak, że w 1567 można było się zająć pracami nad renowacją kościoła. Ten został ukończony w 1621, a z okazji tego wydarzenia władze kościelne w Rzymie ogłosiły specjalny jubileusz. Bogaty program liturgiczny przyciągał pielgrzymów z terenów baskijskich; celebracje odbywały się zarówno po baskijsku, jak i kastylijsku.