Drugi pożar i odbudowa Jednak już rok później (1622) kościół stanął w płomieniach. Wizerunek Maryi został ocalony, lecz cała reszta wyposażenia została zniszczona. Odbudowa postępowała szybko, ponownie dzięki hojnym datkom okolicznych mieszkańców. Powstał wtedy kościół dwupoziomowy, w którym wizerunek Dziewicy z Aránzazu przechowywano w kaplicy górnej. Przy kościele zbudowano liczne obiekty towarzyszące, w tym zajazd dla pielgrzymów. Podczas okupacji napoleońskiej król Józef Bonaparte podpisał w 1809 dekret o rozwiązaniu wspólnot klasztornych i konfiskacie ich mienia. W efekcie w 1810 wizerunek Matki Boskiej z Aránzazu został przeniesiony do kościoła św. Michała w Oñate, gdzie pozostał do zakończenia wojny o niepodległość (1814).
Trzeci pożar i odbudowa W czasie pierwszej wojny karlistowskiej oddziały wojsk liberalnych (krystynosów, wspierających królową Izabelę), zważywszy na fakt, że zakonnicy stawali w obronie absolutyzmu Ferdynanda VII, zniszczyły obiekty klasztorne i samo sanktuarium paląc je (1834). W tym samym roku rozwiązano Bractwo Aránzazu, istniejące właściwie od początków kultu maryjnego w tym miejscu. W 1840 rozwiązano także miejscową wspólnotę franciszkanów. Prace restauracyjne kościoła odbyły się w latach 1844-46, zaś w 1878 zezwolono na odtworzenie wspólnoty franciszkańskiej.