Następnie w latach 1988–1989 reprezentował barwy występującego w Pierwaja lidze ZSRR Kotajku Abowian. W lipcu 1989 roku, dzięki Abrahamowi Hajrapetjanowi, który mieszkał we Francji, zajmował się głównie organizacją tras sowieckich zawodników do Europy oraz pomógł Mychitarianowi przenieść się do Valence, gdzie został zawodnikiem występującego wówczas w Championnat National ASOA Valence, klubu założonego przez Ormianów zamieszkujących Francję. Dzięki temu jest uważany za jednego z pierwszych ormiańskich piłkarzy, grających na zachodzie. W sezonie 1991/1992 awansował do Division 2. Z klubu odszedł po sezonie 1993/1994. Następnie został zawodnikiem ASA Issy, również klubu założonego przez Ormianów zamieszkujących Francję. Na początku 1995 roku dowiedział się, że ma guza mózgu, w związku z czym zakończył piłkarską karierę i wrócił do Erywaniu, chcąc umrzeć w domu, w otoczeniu rodziny. Po trzech operacjach w ciągu roku, Mychitarian zmarł 6 maja 1996 rokuJuve been warned: Henrikh Mkhitaryan is Europe's most in-form player .