W czasie II wojny światowej 6 września 1939 roku Luftwaffe zbombardowało miasto. Wielu mieszkańców zginęło, w tym spora grupa Żydów. 11 września 1939 roku w wyniku kolejnego bombardowania w mieście wybuchły pożary. Spłonęły ulice Brok, Bagno, Szewska, Piłsudskiego, Kościuszki i Rynek. Zniszczona została także synagoga i okolica, a prawie wszystkie księgi i przedmioty sakralne uległy zniszczeniu. Po kampanii wrześniowej i zgodnie z paktem Ribbentrop-Mołotow, Biłgoraj 28 września 1939 roku zajęła Armia Czerwona. Sowieci byli entuzjastycznie witani przez żydowską biedotę. Po zmianach granicznych pomiędzy III Rzeszą a Rosją Sowiecką, Biłgoraj znalazł się w granicach Generalnego Gubernatorstwa. 3 października 1939 do Biłgoraja ponownie zajęły wojska niemieckie. Wraz z wycofującą się Armią Czerwoną, Biłgoraj opuściło około 1500 Żydów.
Niemcy wprowadzili przepisy szykanujące Żydów. Ludność żydowska mogła zamieszkiwać tylko część ulicy 3 Maja oraz ulice Nadstawną i Ogrodową. Na lewym ramieniu Żydzi musieli nosić białe opaski z gwiazdą Dawida i nie wolno im było wychodzić na ulicę Główną, zamieszkaną przez Niemców. W grudniu 1939 roku Niemcy powołali Radę Żydowską – Judenrat. W jej skład wchodziło 5 osób. Pierwszym prezesem był Szymon Bin.