W czerwcu 1940 roku powstało getto, składające się z dwóch ulic – Lubelskiej i 3 Maja – w których stłoczono 3500 Żydów. Niemcy zakazali Żydom trudnić się handlem. Wprowadzono przymus pracy. Żydzi pracowali przy wyrębie lasów, budowie dróg, na stacji kolejowej w Rapach, w kamieniołomach Gliniska, jak również przy budowie kanału na rzece Biała Łada.
W sierpniu 1940 roku Niemcy rozstrzelali wszystkich członków Judenratu w Biłgoraju (w tym prezesa Szymona Bina, oraz wiceprezesa Hillela Janowera). Powodem była odmowa wytypowania grupy Żydów, którzy wywiezieni mieli zostać do niemieckiego nazistowskiego obozu pracy w Bełżcu oraz utworzenia policji żydowskiej.
Od grudnia 1940 roku opiekę nad Żydami w Biłgoraju sprawował Komitet Opieki Żydowskiej Samopomocy Społecznej – Judische Soziale Selbsthilfe, który w połowie 1942 roku został przekształcony w Judische Unterstutzungsstelle. Jesienią 1941 roku Niemcy utworzyli przy ul. Lubelskiej szpital żydowski z obawy przed szerzącą się epidemią tyfusu plamistego, a Komitet Opieki ŻSS poprosił, by przysłać do miasta dr Jakuba Meisla i dr R. Polatschka – wysiedleńców z Wiednia. Do miasta przybyli Żydzi z Austrii, nieposiadający żadnych środków do życia.