Ze Zwierzyńca przetransportowano ich koleją do obozu zakłady w Bełżcu.
Po wysiedleniu Żydzi z „małego getta” zostali zmuszeni do pracy przy zbieraniu zwłok: na Rynku i ulicach znaleźli około 200 ciał zabitych podczas wysiedlenia.
4 listopada 1942 roku Niemcy zabili Żydów przebywających w Szpitalu Powiatowym w Biłgoraju. Przybywszy pod szpital gestapowcy kazali wynieść kilkunastu ciężko chorych. Załadowano ich na wozy, a następnie wywieziono za parkan ogradzający teren szpitalny. Tam wszystkich zastrzelono, a ciała pochowano w miejscu egzekucji. Do końca 1942 roku Niemcy wyłapywali ukrywających się Żydów. Złapano wówczas i rozstrzelano ok. 300 osób. Miało to miejsce na terenie cmentarz żydowskiego przy ul. Konopnickiej.
„Małe getto” istniało do 10 stycznia 1943 roku. Gestapo nakazało żydowskim robotnikom opuszczenie getta. Młodych mężczyzn oddzielono od nich i zabrano do miejskiego więzienia. Kobiety, dzieci i starców mordowano na miejscu. Grupę młodzieży, w liczbie około 15, wysłano do obozu pracy w Janowicach.