Po tej wywózce w getcie pozostało około 1500 Żydów. We wrześniu 1942 roku hitlerowcy zorganizowali tzw. „małe getto” na wschodnim krańcu ul. 3 Maja. 1 listopada Hersz Zylberberg, drugi szef Judenratu, ogłosił, że z rozkazu Gestapo wszyscy żydowscy robotnicy i ich rodziny, w sumie 70 osób, mają przenieść się do tego getta.
„Operacja Reinhard” w Biłgoraju rozpoczęła się 2 listopada 1942 roku. Miasto otoczyły specjalne oddziały Schupo, które składały się z Niemców oraz kolaborantów łotewskich, chorwackich, litewskich i ukraińskich. Żydzi zostali zgromadzeni w pobliżu Rynku, a stamtąd poprowadzono ich do „Deutsches Haus”. Tam gestapowcy dokonali rewizji zgromadzonych w poszukiwaniu złota i kosztowności. Idący w kolumnach Żydzi byli mordowani przez policjantów eskorty. Ciała zabitych leżały wzdłuż całej ul. 3 Maja. Żydów umieszczono w barakach znajdujących się przy ul. 3. Maja. Wieczorem do Biłgoraja została przyprowadzona społeczność żydowska z Tarnogrodu i Krzeszowa. Następnego dnia wszystkich Żydów wyprowadzono z baraków i ustawiono w kolumnę po 8 osób w szeregu. Znęcano się przy tym – strzelano, przebijano bagnetami, a wyciorami od karabinów zabijano niemowlęta. Pozostałych zapędzono do Zwierzyńca. W trakcie marszu dochodziło do kolejnych mordów.