W czasie II wojny światowej We wrześniu 1939 roku miasto zajęła Armia Czerwona. Podczas sowieckiej okupacji rozwiązane zostały instytucje żydowskie, zakazano działalności politycznej. Po wybuchu wojny niemiecko-radzieckiej Niemcy zajęli Bóbrkę 1 lipca 1941 roku. W Bóbrce znajdował się posterunek żandarmerii, policji kryminalnej oraz policji ukraińskiej. Eksterminację ludności żydowskiej w Bóbrce przeprowadziła policja bezpieczeństwa ze Lwowa przy wsparciu miejscowej żandarmerii niemieckiej i policji ukraińskiej.
10 lipca 1941 roku został powołany Judenrat. Jego przewodniczącym został O. Miller. 2 lipca 1941 roku w Bóbrce miał miejsce pogrom. Pretekstem do jego przeprowadzenia stało się odnalezienie zwłok 16 ofiar NKWD. O mord ten oskarżono Żydów. Zamordowano wówczas kilkudziesięciu Żydów. W końcu 1941 roku niewielka grupa żydowskich robotników została wysłana do obozu pracy we wsi Kurowice. W sierpniu 1942 roku do Bóbrki zostali przesiedleni Żydzi z okolicznych wsi, a także z osady Szczyrec – 180 osób, a także wszyscy żydowscy mieszkańcy osady Strzeliska Nowe – 1252 osoby. Liczba Żydów przebywających w Bóbrce wzrosła do 3200 osób. Pierwsza deportacja miała miejsce 12 sierpnia 1942 roku. Akcję przeprowadził oddział policji bezpieczeństwa ze Lwowa z pomocą miejscowej żandarmerii niemieckiej i policji ukraińskiej.