Geneza Operacja „Barbarossa”, rozpoczęta w nocy z 21 na 22 czerwca 1941 roku, doprowadziła szybko do przełamania sowieckiej obrony. Na wielu obszarach władze ewakuowały się jeszcze przed wkroczeniem wojsk niemieckich, węgierskich i rumuńskich. W ten sposób powstawała administracyjna próżnia, gdyż nowa władza okupacyjna nie powstała od razu, a jej budowa była skomplikowana. Ofensywa niemiecka wymusiła ewakuację całej komunistycznej administracji i likwidację więźniów politycznych. W większości byli to obywatele polscy, białoruscy oraz ukraińscy dysydenci, których w obawie przed ucieczką i ze względów logistycznych nie zdołano przetransportować w głąb Rosji. W państwach bałtyckich, na dawnych Kresach II RP oraz na Rusi Zakarpackiej, w Mołdawii i Besarabii ten stan trwał co najmniej do końca lata 1941 roku. W tym czasie doszło tam do serii antyżydowskich pogromów i zajść, które w wielu przypadkach przybrały rozmiary masowych morderstw. Wydarzenia te pochłonęły dziesiątki tysięcy ofiar i przez wielu badaczy uważane są za początek zagłady europejskich Żydów.