Litwa i Łotwa już w ciągu kilku dni po ataku Wehrmachtu znalazły się pod okupacją niemiecką. Jako pierwsze stały się też widownią antyżydowskich akcji „samooczyszczających”. Niektóre z tych wydarzeń, np. w Kownie, są dobrze zbadane; inaczej jest w przypadku mniejszych miejscowości. W obu krajach główną rolę, najpierw w spontanicznych pogromach, a później w systematycznej zagładzie, odgrywały uzbrojone oddziały działające początkowo z przyzwoleniem i zachętą Niemców, a później zorganizowane w kolaboracyjne formacje zbrojne.
Kraje bałtyckie
W 1923 roku Litwę zamieszkiwało ok. 157 tys. Żydów, co stanowiło ponad 7,9 proc. całej populacji. W 1939 roku, głównie z powodu emigracji, odsetek ten spadł poniżej 7 proc. Antysemityzm przed wojną był mniej widoczny niż w Polsce, nie było akcji pogromowych.
Zmieniło się to po zajęciu kraju przez Armię Czerwoną. Skrajnie antysemicko nastawieni byli polityczni emigranci, którzy znaleźli schronienie w III Rzeszy.