Pogromy w Kownie i jego okolicach rozpoczęły się jeszcze przed wkroczeniem Niemców. Najwięcej morderstw popełniono jednak po 24 czerwca. Stahlecker pisał w raporcie, że w Kownie działało ponad 3360 „partyzantów”, którzy nie mieli jednak jednolitego dowództwa. Wszystkich wziął pod opiekę, zapewnił wyżywienie i środki transportu. Otrzymali legitymacje in blanco zaświadczające, że są członkami litewskiej jednostki partyzanckiej na służbie policji bezpieczeństwa. Wszystkie oddziały niemieckie miały zapewnić im opiekę i pomoc.
W lakonicznym raporcie z początku lipca czytamy, że „zlikwidowano 7800 Żydów częściowo przez pogromy, częściowo przez rozstrzelanie przez komanda litewskie. Wszystkie zwłoki usunięto”.
Stahlecker podaje, że w innych miejscowościach pogromy odbywały się „według wzoru podanego w Kownie”. Po rozbrojeniu partyzantów zgodnie z rozkazem akcje samooczyszczające przerwano.
Łotwę zamieszkiwało około 96 tys. Żydów, którzy stanowili ponad 5 proc. ludności. Najwięcej, około 40 proc., mieszkało w Rydze. Tu również Niemcy zachęcali do pogromów, jednak ich skala nie była zadowalająca. Autorzy raportów tłumaczyli to słabością przywództwa organizacji nacjonalistycznych.