Artale d'Alagona utrzymał się w Castrum Maris do 1398.
Lata 1398 – 1428 Od 1398 do 1420 de facto kontrolę nad wyspami sprawowała wczesna Università, samorząd lokalny wybrany przez lokalną szlachtę w celu ochrony ich praw na wyspach i codziennego zarządzania tymi ostatnimi. Samorząd lobbował za pozostaniem częścią Korony Aragonii, którą wyspy pozostały do 1420. Alfons V Aragoński potrzebował zarówno pieniędzy, jak i wsparcia, ponieważ podjął kilka kampanii na Morzu Śródziemnym. W konsekwencji przekazał wyspy Gonsalvo Monroyowi. Podpisano umowę płatności, a ta ostatnia, w imieniu Monroya została dokonana przez wicekróla Sycylii, Antonio de Cardonę.
Umowa ta spowodowała wielkie kłopoty na Malcie i Gozo. Wyspy zobowiązały się do wierności Cardonie, a nie Monroyowi, który objął jurysdykcję nad nimi w dniu 7 marca 1421. Niewiele wiadomo o okresie od 1421 do 1425. Jednak bunt mieszkańców Malty i Gozo w latach 1425–1428 jest dobrze pamiętany na Malcie, choć nie był on pierwszy.