24 października 1942 roku Říha i Maruščáková zostali straceni w obozie koncentracyjnym Mauthausen, natomiast w dotyczącym rodziny Horáków osobnym śledztwie Gestapo ostatecznie nie znalazło żadnego związku między tą rodziną a śmiercią Heydricha. W tym samym dniu, w którym Frank zaprezentował plan zagłady Lidic, Hitler – zdeterminowany by ukarać Czechów bez względu na ich rzeczywisty współudział w zamachu – wydał w Berlinie rozkaz dotyczący dalszych losów wsi o następującej treści:
Wszystkich dorosłych mężczyzn rozstrzelać; Wszystkie kobiety przetransportować do obozów koncentracyjnych; Wybrać dzieci, które można poddać germanizacji i przekazać je rodzinom SS w Rzeszy. Resztę dzieci wychować w inny sposób; Wieś spalić i zrównać z ziemią.
Przebieg Jeszcze we wtorek 9 czerwca 1942 roku, kilka godzin po rozkazie Adolfa Hitlera, Lidice otoczyły jednostki SS. O 21.00 do wsi wjechało dziesięć ciężarówek pełnych żołnierzy, policjantów i gestapowców. Miejscowego wójta zmuszono do wydania wszystkich dokumentów gminy i kosztowności, a po północy wszystkich mieszkańców wyprowadzono z domów. Nikomu nie pozwolono opuścić wioski, a każdy, kto próbował uciekać, został zastrzelony.