Zdaniem Antoniego Mironowicza jego chirotonia odbyła się pod naciskiem polskich władz państwowych, którym zależało na polonizacji PAKP, podczas gdy w strukturach Kościoła większość hierarchii i duchowieństwa stanowili Rosjanie, Ukraińcy i Białorusini. Jerzy Szretter był tymczasem pozytywnie nastawiony do planów polonizacji struktur prawosławnych w Polsce. Działalność w tym kierunku podjął na terenie diecezji warszawsko-chełmskiej po wyświęceniu na biskupa. Obok biskupów Mateusza (Siemaszki) i Sawy (Sowietowa) był jednym z największych zwolenników polonizacji PAKP wśród jego duchowieństwa.
II wojna światowa mały|Monaster św. Onufrego w Jabłecznej. Biskup Tymoteusz przebywał w nim przez niemal cały okres II wojny światowej. Po wybuchu II wojny światowej przybył z monasteru św. Onufrego w Jabłecznej, gdzie dotąd rezydował, do Warszawy. Jednak zarządzający diecezją warszawsko-chełmską od listopada 1939 metropolita berliński i niemiecki Serafin (Lade) skierował go ponownie do monasteru z powodu propolskich poglądów. Do czynnej działalności w Kościele biskup Tymoteusz wrócił 30 września 1940 jako członek soboru biskupów Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego w Generalnej Guberni (powstanie struktury o takiej nazwie ogłosił w końcu września tego samego roku metropolita Dionizy).