Tego samego dnia nadana została mu godność biskupa pomocniczego diecezji chełmsko-podlaskiej. Po sformowaniu Synodu Kościoła biskup Tymoteusz nie wszedł w jego skład z powodu przedwojennej postawy propolskiej, niezgodnej z polityką ukrainizacji PAKP. 10 sierpnia 1944 przewodniczący PKWN Edward Osóbka-Morawski wyraził zgodę na objęcie przezeń czasowego zarządu diecezji chełmsko-podlaskiej. Na okres jego nadzorowania ww. administratury przypadło wysiedlenie Ukraińców do ZSRR, które doprowadziło do zamknięcia ponad 160 placówek duszpasterskich, z braku wiernych. Tymoteusz (Szretter) nie protestował przeciwko temu; na przełomie lat 1944/1945 w oficjalnym liście stwierdził, iż na podległym mu terenie wystarczy pozostawienie parafii w Lublinie, Chełmie, Białej Podlaskiej, Hrubieszowie i Włodawie. Prosił również o nielikwidowanie monasteru w Jabłecznej.
W październiku tego samego roku biskup Tymoteusz objął również zarząd parafii prawosławnych w regionie białostockim.