Jako tymczasowy zwierzchnik struktur Kościoła prawosławnego w tym regionie wbrew życzeniom miejscowego duchowieństwa parafialnego przeciwstawił się przeniesieniu ich pod jurysdykcję Patriarchatu Moskiewskiego.
Po II wojnie światowej mały|Arcybiskup Tymoteusz (Szretter), fotografia z 1960 mały|Tymoteusz jako metropolita warszawski i całej Polski; przemawia na pogrzebie metropolity Makarego w marcu 1961 W 1946 Departament Wyznaniowy Ministerstwa Administracji Publicznej zaczął sugerować metropolicie warszawskiemu i całej Polski Dionizemu ustąpienie z urzędu (ostatecznie duchowny został do tego zmuszony). Biskup Tymoteusz był brany pod uwagę jako jego ewentualny następca. 14 października 1945 został jednym z wiceprezesów Chrześcijańskiej Rady Ekumenicznej.
Od 1946 jako arcybiskup kierował diecezją białostocko-bielską, przemianowaną 7 września 1951 na diecezję białostocko-gdańską. W 1947 został wiceprzewodniczącym Prawosławnego Metropolitalnego Komitetu Niesienia Pomocy Przesiedleńcom na Ziemie Odzyskane, w ramach którego angażował się w organizowanie opieki duszpasterskiej oraz wsparcia materialnego dla prawosławnych, którzy zostali przesiedleni w wymienione regiony Polski. W tym samym roku założył pierwszy żeński monaster w powojennych granicach Polski – klasztor na Grabarce.