W 1948 razem z metropolitą Dionizym opracował projekt reformy podziału administracyjnego Kościoła, który nigdy nie wszedł w życie.
W 1948 władze komunistyczne ostatecznie zdecydowały o usunięciu metropolity Dionizego z urzędu. Do momentu wyboru nowego zwierzchnika PAKP Kościołem miał zarządzać organ nieprzewidziany przez prawosławne prawo kanoniczne – Tymczasowe Kolegium Rządzące Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego w składzie: arcybiskup Tymoteusz (Szretter) jako przewodniczący, biskup Jerzy (Korenistow), ks. Jan Kowalenko, ks. Eugeniusz Naumow, ks. Wsiewołod Łopuchowicz, ks. Michał Kiedrow oraz Mikołaj Sieriebriannikow. 12 listopada arcybiskup Tymoteusz oficjalnie pełnił funkcję locum tenens metropolii warszawskiej. Wcześniej, w kwietniu tego samego roku, zainicjował rozmowy z patriarchą moskiewskim Aleksym I w celu wyjaśnienia kontrowersji wokół statusu kanonicznego PAKP, zaś 21 maja 1948 został tymczasowym zarządcą diecezji Ziem Odzyskanych, którą to funkcję pełnił do września tego samego roku. W czerwcu 1948 był jednym z delegatów PAKP w Patriarchacie Moskiewskim.