Budowę nowej świątyni, również drewnianej, przeprowadzono w latach 1696–1699. Kościół, konstrukcji zrębowej, otoczony był sobotami i kryty gontem. Rzeźbami ozdobił wnętrze W. Gliński z Zembrzyc. Główny ołtarz kościoła, w stylu manierystycznym, z obrazem św. Rodziny, pochodził z I połowy XVII w. Sprowadzono go tu z kościoła św. Anny w Krakowie. Jeden z bocznych ołtarzy, późnobarokowy, namalowany przez Franciszka Lekszyckiego, przedstawiał św. Antoniego Padewskiego. Ponadto w wyposażeniu była barokowa ambona i sześć barokowych posągów przedstawiających świętych, pochodzących z XVIII i XIX w. W 1850 r. dobudowano do kościoła wieżę, która służyła jako dzwonnica. Kościół otaczały lipy zasadzone tutaj w 1933Wg strony parafii w Niedźwiedziu
W drewnianym kościele św. Sebastiana dnia 1 listopada 1875 r. został ochrzczony Franciszek Salezy Smaciarz, który później pod pseudonimem Władysław Orkan został pisarzem – piewcą Gorców i jego ludu. Na cmentarzu parafialnym w Niedźwiedziu spoczywają jego żona i córka.
3 września 1939 r. wkraczające oddziały Wehrmachtu zabiły 4 mieszkańców, spaliły 10 budynków mieszkalnych i gospodarczychJózef Fajkowski, Jan Religa: Zbrodnie hitlerowskie na wsi polskiej 1939–1945. Warszawa: Wydawnictwo Książka i Wiedza, 1981, s. 237.