Sporo awarii w trakcie sezonu spowodowało, że Clark ukończył sezon na szóstym miejscu w klasyfikacji sezonu 1966.
Na sezon 1967 do Lotusa wrócił Graham Hill. W pierwszych dwóch wyścigach sezonu samochody Lotus były napędzane przez jednostki BRM (w Grand Prix RPA przez silniki 3.0 H16, a w Grand Prix Monako przez jednostki 2.0 V8). Od Grand Prix Holandii jednostki napędowe Lotusa stanowiły silniki Ford DFV 3.0 V8. W tym samym wyścigu zadebiutował nowy model Lotusa, 49. Clark wygrał ten wyścig, podobnie jak Grand Prix Wielkiej Brytanii, Stanów Zjednoczonych (w wyścigu tym Lotus odniósł pierwsze podwójne zwycięstwo) i Meksyku. W Grand Prix Włoch Clark prowadził do ostatniego okrążenia, kiedy to skończyło mu się paliwo. Ostatecznie Clark mimo problemów technicznych w kilku wyścigach nawiązał walkę z kierowcami Brabhama – Dennym Hulmem i Jackiem Brabhamem, ale sezon ukończył na trzecim miejscu w klasyfikacji kierowców, za Nowozelandczykiem i Australijczykiem.