Jeszcze w 1990 roku Frentzen wziął udział Mercedesem C11 w jednym wyścigu Mistrzostw Świata Prototypów w zespole Sauber, w którym to wyścigu stanął na podium.
W 1991 roku Frentzen nadal uczestniczył w zawodach Międzynarodowej Formuły 3000 po tym, gdy przeniósł się do zespołu Vortex Motorsport. Frentzen uzyskał w całym sezonie pięć punktów. Nie mając ciekawych ofert na rok 1992, podjął rywalizację w Porsche Carrera Cup. Wziął także udział w dwóch wyścigach Mistrzostw Świata Samochodów Sportowych. W czerwcu wziął udział w wyścigu 24h Le Mans, w którym to, ścigając się w zespole Euro Racing Lolą T92/10 wraz z Charlesem Zwolsmanem seniorem i Shunjim Kasuyą zajął trzynaste miejsce w klasyfikacji generalnej. Następnie otrzymał ofertę startów w Japońskiej Formule 3000 od Team Nova, który poszukiwał zastępcy dla kontuzjowanego Volkera Weidlera, który sam polecił Frentzena zespołowi. W sezonie 1992 Japońskiej Formuły 3000 Frentzen wziął udział w trzech wyścigach, zdobył jedno podium i zakończył sezon na czternastym miejscu, uzyskawszy pięć punktów. W tym samym roku w Japońskiej Formule 3000 debiutowali Roland Ratzenberger i Tom Kristensen.