Ochrona Wirus BNYVV jest organizmem kwarantannowym, którego wprowadzanie do stref chronionych oraz przemieszczanie wewnątrz tych stref na terytorium Unii Europejskiej jest zabronione. Może być wykryty w laboratorium testem ELISA. Uprawy buraka cukrowego podlegają systematycznej kontroli przez Państwową Inspekcję Ochrony Roślin i Nasiennictwa. Jeśli stwierdzi ona wystąpienie rizomanii buraka, to zakazuje uprawy buraka na danym terenie przez określony przepisami czas, a używana na danym polu sprzęt rolniczy musi zostać poddany dezynfekcji.
Istnieją skuteczne metody zwalczania wirusa BNYVV, ale są nieopłacalne. Eliminacja wirusa z gleby jest bardzo trudna, stwierdzono bowiem, że może on w niej przetrwać nawet ponad 10 lat. Najlepszą metodą ochrony będzie zapewne wyhodowanie odpornych na niego odmian buraków. Wyhodowano już odporne odmiany z genem Rz1, ale ciągu ostatnich 15 lat na niektórych obszarach uprawy buraków cukrowych na całym świecie powstały szczepy wirusa łamiące tę odporność. Zaleca się przy pracach pielęgnacyjnych w burakach stosowanie obuwia jednorazowego lub gumowego, które łatwo umyć.