Helski bezskutecznie usiłował odrzucić postanowienie o amnestii wobec siebie i domagał się uniewinnienia, które dawałoby mu podstawę prawną do dochodzenia roszczeń za bezprawne działania urzędników, doznane krzywdy i utracone zdrowie. Sytuacji nie zmieniły zmiany ustrojowe po 1989. Wszystkie skargi do organów władzy państwowej i do Rzecznika Praw Obywatelskich pozostawały bez odpowiedzi.
Incydent zamachu Domagał się postawienia Wojciecha Jaruzelskiego przed Trybunałem Stanu, a kopię wniosku w tej sprawie zaniósł osobiście Jaruzelskiemu jesienią 1992 na spotkanie, na którym Jaruzelski promował swoją książkę w księgarni przy pl. Legionów (dawniej pl. PKWN) we Wrocławiu.
Jego apele o rozliczenie stanu wojennego pozostawały bez odpowiedzi. Jesienią 1994 Wojciech Jaruzelski wydał książkę Stan wojenny, dlaczego?. Helski w akcie desperacji na spotkaniu autorskim zorganizowanym w tym samym miejscu, co poprzednim razem, 11 października 1994 uderzył Wojciecha Jaruzelskiego zawiniętym w gazetę kamieniem w twarz. Stanisława Helskiego umieszczono w zakładzie psychiatrycznym i wytoczono proces. Został skazany na 2 lata pozbawienia wolności w zawieszeniu oraz 200 zł grzywny. Na wniosek posła Andrzeja Micewskiego, 28 października 1994 r. komisja odpowiedzialności konstytucyjnej Sejmu RP potępiła atak Stanisława Helskiego.