Ernst Dubowy studiował we Wrocławiu filozofię i teologię. Prócz tego zgłębiał historię sztuki i archeologię. W 1914 uzyskał stopień doktora teologii na podstawie dysertacji Klemens von Rom über die Reise Pauli nach Spanien, napisanej pod kierunkiem prof. Josepha Sickenbergera, a następnie stopień doktora filozofii na podstawie rozprawy Der Einfluß der apokryphen Petrus- und Paulusliteratur auf altchristliche Darstellungen der Apostelfürsten, obronionej 9 czerwca 1914 w Auli Leopoldina Uniwersytetu Wrocławskiego. Obie prace doktorskie zostały wydane drukiem, zwłaszcza praca z teologii zyskała duże uznanie w środowisku naukowym. 18 czerwca 1914 Ernst Dubowy otrzymał sakrament święceń kapłańskich z rąk biskupa Augustina we wrocławskiej katedrze.
Wikariusz w Berlinie i Wrocławiu W uznaniu jego osiągnięć naukowych został z dniem 22 lipca 1914 mianowany (wykładowcą) w konwikcie arcybiskupim we Wrocławiu. Po 1 kwietnia 1915 został przyjęty jako członek rzeczywisty do Śląskiego Towarzystwa Kultury Ojczyźnianej (Schlesische Gesellschaft für Vaterländische Kultur)Dreiundneunzigster Jahres -Bericht der Schlesischen Gesellschaft für vaterländische Cultur. 1915. I. Band. Breslau. G. P. Aderholz' Buchhandlung. 1916, s. 2.