Następnie pełnił posługę duszpasterską w Berlinie jako drugi wikariusz w parafii św. Rodziny. W Berlinie doskonalił swoją polszczyznę, gdyż pełnił tam posługę kapłańską wśród polskiej diaspory utrakwistów. Stąd też później w niektórych źródłach sam bywa określany jako utrakwistaAndrzej Hanich Martyrologia duchowieństwa Śląska Opolskiego w latach powstań śląskich i II wojny światowej, Opole 2019. Po 3 latach pobytu w stolicy w 1919 ks. Dubowy powrócił do Wrocławia. Posługiwał w tym czasie między innymi w domu wychowawczym „Mariahilf”, później w szpitalu św. Józefa. 10 października 1921 został wikariuszem katedralnym we Wrocławiu. Jako wikary pisze i wydaje szereg pism i opracowań religijnych oraz prowadzi wykłady z zakresu problematyki katechetykiHans-Ludwig Abmeier, Professor Dr. Dr. Ernst Dubowy – Mobilisator der katechetischen Bestrebungen im Bistums Breslau und Leiter der deutschen Exerzitienbewegung, [w:] Oberschlesisches Jahrbuch 10 (1994), s. 119–152.