9 kwietnia 1533 Thomas stał na czele delegacji, która poinformowała Katarzynę Aragońską o ślubie Henryka VIII z Anną oraz o odebraniu jej tytułu królowej. 1 czerwca 1533 odbyła się koronacja Anny Boleyn, jednak książę nie brał w niej udziału. W tym czasie przebywał we Francji, gdzie odbyło się spotkanie papieża z królem Franciszkiem I.
W listopadzie 1533 odbył się ślub jego jedynej żyjącej córki, Mary, z nieślubnym synem króla, księciem Richmond i Somerset Henrykiem Fitzroyem. Inicjatorką jego mariażu była króla Anna, która w ten sposób chciała okazać wdzięczność wobec wuja za okazywane jej wsparcie w dążeniu do korony. Na jej prośbę król zrezygnował z żądania wysokiego posagu. Dodatkowo królowa uczyniła kochankę księcia swoją dwórką, jednak Thomas w kryzysowych sytuacjach nie odpowiadał się po stronie Boleynów. Norfolk był zachowawczy i powściągliwy w popieraniu Anny, jako że był teściem jedynego żyjącego syna Henryka VIII. Zdarzało się, że książę krytykował siostrzenicę z powodu jej nadmiernej pewności siebie i skłonności do kłótni z królem. Obawiał się, że takie zachowanie doprowadzi do upadku jego rodziny.