kościół przeszedł w ręce świeckiego duchowieństwa i stał się głównym kościołem parafialnym miasta.
Przemiany architektoniczne Pierwotnie romańska, trójnawowa bazylika z transeptem z lat 30. XIII w., nakryta płaskim dachem. Kwadratowe prezbiterium zamknięte było wieloboczną apsydą, a nawy boczne apsydami półkolistymi. W wieży nad prezbiterium znajdowały się dzwony. W następnych wiekach kościół przeszedł kilka znaczących przebudów. Już pod koniec XV w. został przebudowany w stylu gotyckim. Podczas pożaru, spowodowanego przez kuruców Imre Thököly'ego w 1679 r., spłonął dach kościoła, a zerwane z zawiesi i rozpalone do czerwoności dzwony przebiły się przez sklepienie do wnętrza prezbiterium, wskutek czego spłonął również ołtarz główny. Jezuici szybko odbudowali świątynię, a następnie jeszcze kilkakrotnie przeprowadzili większe zmiany w jej wyglądzie. M.in. skróceniu uległo dawne romańskie prezbiterium, a w 1734 r. jezuici zburzyli południowo-zachodnią apsydę i zbudowali na jej miejscu zakrystię, zaś pod nią i pod częścią kościoła wybudowali kryptę, która stała się miejscem pochówków zasłużonych dla miasta osób. W latach 1757–1758 miała miejsce kolejna przebudowa kościoła, w ramach której otrzymał on nową, barokową fasadę, zwieńczoną trzema wieżami.